Probenvorbereitung

• Isolierung der DNA: Um mit einem Microarray zu unter­suchen, ob die DNA eines Patienten bestimmte Sequenzen enthält , muss die DNA zunächst aus dem Blut gewonnen werden. Dies geschieht z. B. mithilfe eines DNA-Isolierungs-Kits.

 
Vervielfältigung der Patienten-DNA: Polymerasekettenreaktion (PCR)

• Die zu untersuchenden Teilstücke der DNA werden mithilfe der Polymeraseketten­reaktion (PCR) millionenfach vervielfältigt.
• Hierbei legen zwei Starter-DNA-Moleküle (Primer) den Bereich fest, der kopiert werden soll. Wenn die Patienten-DNA den passenden Abschnitt (Zielsequenz) enthält, können die Primer sich daran binden und es wird eine Kopie der Zielsequenz hergestellt.
• Diese Reaktion wird mehrmals wiederholt, so dass die DNA-Region zwischen den Primern sehr stark (exponentiell) vervielfältigt wird.
• Die entstehenden PCR-Produkte sind mit einem Fluoreszenz-Farbstoff markiert, der später den Nachweis auf dem Microarray ermöglicht. Wenn die Zielsequenzen in der Patientenprobe fehlen, können die Primer sich nicht binden: Die DNA wird nicht vervielfältigt.

 
Untersuchung der PCR-Produkte auf dem Microarray: DNA-Microarray-Hybridisierung

• Die PCR-Produkte werden mit dem Microarray inkubiert.
• Hierzu  werden sie zunächst mit einem Hybridisierungspuffer gemischt, der die optimalen Bedingungen für die Anlagerung der PCR-Produkte an die komple­mentären Sonden auf dem Microarray schafft.
• Diese Bindungen werden über die an den Spots entstehenden Fluoreszenzsignale gemessen.